Ad Arona, l’ambizioso progetto del Sacro Monte fu promosso da padre Marco Aurelio Grattarola, religioso della congregazione degli oblati, ordine fondato dallo stesso san Carlo quale strumento e supporto al suo impegno pastorale.
L’idea fu accolta con entusiasmo dal cardinale Federico Borromeo, cugino di Carlo e arcivescovo di Milano, che con la realizzazione del complesso monumentale avrebbe celebrato l’eccezionale grandezza del santo.
Il progetto prevedeva, oltre alla colossale Statua e alla chiesa Maggiore, anche l’edificazione di quindici cappelle, decorate all’interno con affreschi e statue, ognuna dedicata ad un episodio tra i più significativi della vita del santo.
Le cappelle sarebbero sorte lungo un percorso ascensionale e sinuoso che avrebbe avuto inizio al lago per concludersi ai piedi della Statua.
Nel luglio del 1614, il cardinale Federico pose la prima pietra per la costruzione della chiesa Maggiore, ma il grandioso progetto si realizzò soltanto in parte a causa di varie e complesse vicende, prime fra tutte le ricorrenti guerre tra spagnoli e francesi, e le ripetute carestie e pestilenze che ne conseguirono.
Delle quindici cappelle del progetto originario oggi se ne possono osservare soltanto tre, incomplete nella struttura architettonica e purtroppo in cattive condizioni. Le tre cappelle non appartengono più, ormai da tempo, alla Veneranda Biblioteca Ambrosiana, storica istituzione milanese che dal 1624, per volere dello stesso cardinale Federico Borromeo, gestisce il complesso sul colle di Arona.