La chiesa di San Carlo ad Arona fu progettata dall’architetto Francesco Maria Richini e realizzata a partire dal 1614.
L’edificio è composto da un’aula di vaste proporzioni con impianto barocco su base quadrata. Al centro del pavimento in marmo bianco e nero è ricordato il motto dei Borromeo “Humilitas”.
La cupola di stile barocchetto fu affrescata nella prima metà del Settecento col bel dipinto incorniciato a stucco che presenta “san Carlo al cospetto dei santi Ambrogio e Simpliciano, suoi predecessori”.
Ai lati dell’altare Maggiore due porte immettono nel tornacoro che circonda la cappella dedicata alla nascita di san Carlo. Si tratta di una ricostruzione della “Camera dei tre laghi”, dove furono riutilizzati “lateres et caementa ejusdem (cubiculi natalitii)” ovvero parti della stanza della Rocca di Arona in cui nel 1538 nacque il santo: “Sul riflesso quindi, che la venerabile camera, la quale tra lo stupore delle superne meraviglie accolti avea i primi vagimenti di Carlo, essendo nella rocca rinchiusa, non poteva apprestare facile l’accesso ai concorrenti divoti, ordinò l’industre suo zelo che, tradotti alla Chiesa sul Monte i fortunati di lei materiali, se ne formasse un Cappella d’ogni altra più venerabile in seguito a quella dell’Altar Maggiore, dove la pietà dei popoli potesse più liberamente deporre i fervorosi suoi voti”.
All’interno della cappella, due armadi incassati a muro con ante lignee scolpite, custodiscono alcune reliquie del santo.
Il tornacoro ospita una portantina utilizzata da san Carlo e un modello del Duomo di Milano in legno traforato, eseguito dai chierici del seminario locale in occasione del terzo centenario della morte del santo.